La struttura di FUNIBER fa uso del nuovo paradigma delle Tecnologie dell'Informazione in quanto alla sua morfologia, flessibilità dell'organizzazione e simbiosi dei settori privato e pubblico.
FUNIBER si associa, in ogni paese, a una o più Università che condividono la sua missione e visione. Queste redigono i contenuti ed impartiscono i corsi. Gli studenti, così, non sono studenti di FUNIBER ma della corrispondente Università, riuscendo spesso ad ottenere, quando previsto, anche il titolo dalle altre Università partecipanti allo specifico Programma Accademico.
Il Consiglio Rettore è il responsabile della pianificazione, del livello di qualità, dell'orientamento dello sviluppo e supervisione delle attività accademiche sviluppate da FUNIBER. E' costituito da autorità accademiche e da professionisti di elevata qualificazione ed esperienza.
Il Consiglio Accademico è l'organo di monitoraggio ed esecuzione delle attività accademiche della Fondazione. E' formato dai Direttori dei paesi e dai Direttori delle aree di formazione di FUNIBER. Conta con consiglieri che sono professori universitari o esperti professionisti di riconosciuto prestigio nei differenti capi di attività di FUNIBER.
Da sottolineare in aogni area della conoscenza il Direttore d'Area, che assume il coordinamento e la gestione globale di tutte le potenzialità educative, tanto umane quanto tecnologiche per garantire attualità, esecuzione e qualità dei programmi accademici.
In ogni paese, FUNIBER ha un Direttore del Paese che assume la rappresentazione della Fondazione e si identifica con l'ambiente nazionale.